docs: record approved Omics GitHub to PSD relay handoff

PROJECT_STATE.md

@@ -19,11 +19,33 @@ fullscreen and full-mode logout are implemented. The local Mac descriptor explic
 sets `shell.mode: full` and `shell.defaultLocale: en`; the native `tht` and local
 core/frontend images were updated on 2026-09-13. Omics remains embedded and server
 verified, through the replaceable presentation-only PortalAdapter. Its changes are
-in local Omics commit `95154e1`; no production deployment or push was performed.
+in Omics commit `95154e1`; production deployment remains pending.
 See `docs/operations/shell-and-localization.md` for integration and installation
 instructions and `docs/reports/2026-09-13-full-shell-implementation.md` for tests,
 independent reviews, local browser checks and rollback details.
 
+### Agreed Omics delivery route — 2026-09-13
+
+The owner approved GitHub as an intermediate transport for Omics: publish only
+`codex/thothii-embedded-shell` from the Mac to
+`https://github.com/Dallavilla-Tiziano/omics_portal.git`. The operator then works
+in `/home/chirone/omics_portal` on the PSD server, fetches that branch without
+changing the shared checkout, verifies the delivered SHA, and pushes only that
+branch to `ssh://git@localhost:2222/aritmolab/omics_portal.git` using existing
+server credentials. Do not require a PSD Gitea token on the Mac to continue.
+Do not use the server's dual-push `origin` or merge into its current branch as
+part of transport. Production integration/rebuild is a separate operator gate.
+ThothII still uses its canonical TYL Gitea; this exception is for Omics only.
+Exact commands and the handoff are linked from
+`docs/operations/shell-and-localization.md`; the full server procedure lives in
+Omics `docs/thothii-integration.md`. Never report the PSD push or production
+deployment as complete until the operator supplies confirmation.
+
+GitHub delivery verified on 2026-09-13 at
+`fca10901a73666ca257d8f4cc4b77066295c400a` (functional commit `95154e1` plus
+the server relay runbook). GitHub `master` remains `aff7581`. The operator's
+PSD Gitea push and production deployment are still pending.
+
 ## Current product shape
 
 ### Visual review integrated with the full/embedded shell

docs/operations/server-upgrade-gitea-workspace-v2.md

@@ -11,6 +11,12 @@ la `origin/main` approvata dall'operatore.
 
 ## Regole non negoziabili
 
+- Per le modifiche al portale Omics seguire prima la
+  [consegna via GitHub e server verso Gitea PSD](shell-and-localization.md#acquisire-prima-le-modifiche-al-repository-omics).
+  L'operatore lavora in `/home/chirone/omics_portal`: fetch del branch dedicato
+  da GitHub, verifica SHA, push esplicito a Gitea. Il trasferimento non modifica
+  il checkout di produzione e non autorizza un deploy; non cercare credenziali
+  Gitea PSD sul Mac per aggirare questa procedura concordata.
 - Eseguire prima l'intero inventario in sola lettura e consegnarlo all'operatore.
 - Non stampare mai password, token, chiavi private, cookie, file `.env` o contenuti dei Docker
   secret. Nei report sono ammessi solo percorsi, nomi delle variabili e valori non segreti.

docs/operations/shell-and-localization.md

@@ -170,6 +170,44 @@ CSS esistente con i token light/dark; non mescolarlo con la nuova Theming API di
 
 ## Verifica prima del deploy server
 
+### Acquisire prima le modifiche al repository Omics
+
+Procedura concordata il 13 settembre 2026: **Mac → GitHub → server → Gitea PSD**.
+Il Mac pubblica il branch Omics `codex/thothii-embedded-shell` su
+`https://github.com/Dallavilla-Tiziano/omics_portal.git`; l'operatore lo recupera
+dal server e lo pubblica su `ssh://git@localhost:2222/aritmolab/omics_portal.git`.
+Il secondo passaggio è un **push** a Gitea, non un pull. Questa scelta evita di
+richiedere al Mac credenziali Gitea PSD. Non cambia l'origine Gitea TYL di ThothII.
+
+Consegna GitHub verificata il 13 settembre 2026:
+`fca10901a73666ca257d8f4cc4b77066295c400a`, che include il commit funzionale
+`95154e1` e la guida per il server. Per questa consegna lo SHA acquisito sul
+server deve coincidere esattamente. Eventuali consegne successive richiedono un
+nuovo SHA comunicato e approvato, non l'accettazione implicita della testa del branch.
+
+I comandi completi sono nella
+[guida del repository Omics](https://github.com/Dallavilla-Tiziano/omics_portal/blob/codex/thothii-embedded-shell/docs/thothii-integration.md#consegna-via-github-e-pubblicazione-su-gitea-psd).
+Sul server, per recuperare il branch e leggere la guida senza cambiare i file
+del portale in esecuzione:
+
+```bash
+cd /home/chirone/omics_portal
+git status --short --branch
+git fetch --no-tags https://github.com/Dallavilla-Tiziano/omics_portal.git \
+  refs/heads/codex/thothii-embedded-shell:refs/remotes/github-relay/codex/thothii-embedded-shell
+git rev-parse refs/remotes/github-relay/codex/thothii-embedded-shell
+git show refs/remotes/github-relay/codex/thothii-embedded-shell:docs/thothii-integration.md
+```
+
+Confrontare lo SHA con la consegna dal Mac prima di procedere con il push
+documentato nella guida. Non usare `git pull` nel checkout condiviso né
+`git push origin`: quest'ultimo può avere due destinazioni. Non cambiare
+`master` o riavviare Omics durante il trasferimento. L'integrazione e il deploy
+richiedono una successiva approvazione, con revisione/immagini di rollback
+registrate e rilascio coordinato con ThothII embedded/upstream.
+
+### Accettazione dell'integrazione
+
 Provare l'apertura dal menu Omics con un utente autorizzato e uno senza accesso;
 verificare assenza di un secondo login e di header ThothII, italiano/inglese già
 selezionati prima dell'apertura, tema, fullscreen e uscita con Esc. Ripetere con