feat: restructure PSD repo (P7) and add operator setup templates + checklist
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# Policlinico San Donato — setup workspace (nuova gestione)
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Guida operativa per collegare ThothII al DWH di PSD con il nuovo sistema (registry Git + descriptor
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v3 + `thothctl`). Lo stato attuale:
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- il repository PSD **è già stato ristrutturato** e committato localmente in
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`/Users/mp/projects/tht-workspace-psd` (layout P1.1: `thoth-workspaces.yaml` +
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`psd-clinical/workspace.yaml` + `psd-clinical/evidence/` + `psd-clinical/schema/annotations.yaml`);
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- la **validazione locale** del registry è già passata (descriptor v3 valido, 36 Evidence
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materializzate, 42 KB di annotations sincronizzate, docs generate).
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Rimangono i passi che richiedono segreti/accesso. I template pronti sono in `deploy/psd/`
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(`*.example`).
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## 1. Pubblica il repository PSD su GitHub
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Crea un repository Git **privato** su GitHub e pubblicalo:
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```bash
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git -C /Users/mp/projects/tht-workspace-psd remote add origin <URL-repo>
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git -C /Users/mp/projects/tht-workspace-psd push -u origin main
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```
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Oppure fornisci URL + credenziali e lo pusho io.
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## 2. Prepara i segreti (in `deploy/psd/secrets/`, non tracciati)
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| File | Contenuto | Riuso |
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| `psd-clinical-dwh-api-key` | la `X-API-Key` del DWH REST | `THT_DWH_API_KEY` esistente |
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| `psd-clinical-dwh-ca.pem` | CA interna (solo se il REST la presenta) | `THT_SSL_CA` esistente |
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| `pi-auth.json` | profilo Pi con le credenziali LLM (zai/deepseek/qwen) | esistente |
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| `thothii.secrets` | bundle secret dell'app | esistente |
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| `git-credentials` | credenziali HTTPS del remote Git privato | nuova |
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> **Nota CA**: il *preprocessing* DWH via REST supporta la CA (`TLS_CA_FILE`). Il *diagnostic* di
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> readiness REST, invece, rifiuta una CA per-request privata: se il ping fallisce per la CA, va
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> reso trusted a runtime oppure si adatta `diagnostics.dwh_rest` nel descriptor Git.
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## 3. Compila i file operatore (dai template)
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```bash
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cd deploy/psd
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cp workspace-bindings.env.example workspace-bindings.env
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cp operator.env.example operator.env
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cp thothii-installation.yaml.example thothii-installation.yaml
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```
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Compila i placeholder con i valori reali (remote GitHub, path assoluti). Il bindings file per PSD è:
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```dotenv
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THT_WS_PSD_CLINICAL_DWH_TRANSPORT=rest_api
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THT_WS_PSD_CLINICAL_DWH_BASE_URL=https://supabase-aritmolab.policlinicosandonato.it/dwh/
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THT_WS_PSD_CLINICAL_DWH_API_KEY_FILE=/run/secrets/psd-clinical-dwh-api-key
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```
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## 4. Genera il connector override
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```bash
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scripts/generate-connector-secrets-override.sh --bindings-env deploy/psd/workspace-bindings.env --operator-env deploy/psd/operator.env --output deploy/psd/connector-secrets.yaml --service workspace-maintenance --role all
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```
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## 5. Avvia lo stack (VPN attiva; internet per scaricare il modello)
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```bash
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scripts/compose-with-preflight.sh --env-file deploy/psd/operator.env -f compose.yaml -f deploy/compose.local.yaml -f deploy/compose.git-https.yaml -f deploy/psd/connector-secrets.yaml up --build -d
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```
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Il primo avvio esegue `embedding-model-init`, che scarica `qwen3-embedding:0.6b` nel volume
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`embedding-models` e poi sblocca `core`.
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## 6. Attiva e valida il workspace
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```bash
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curl --fail --silent http://127.0.0.1:8787/health
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thothctl --installation deploy/psd/thothii-installation.yaml workspace inspect --workspace psd-clinical --json
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```
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## 7. Preprocessing (DWH → FK → schema → Evidence)
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```bash
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thothctl --installation deploy/psd/thothii-installation.yaml workspace preprocess run --workspace psd-clinical --json
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```
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Se il run si ferma per la revisione delle join (`manual_review_required`):
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```bash
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# il curatore rivede i candidati e pubblica psd-clinical/schema/annotations.yaml (commit+push),
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# poi l'installazione fa pull, e si esegue:
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thothctl --installation deploy/psd/thothii-installation.yaml workspace schema accept --workspace psd-clinical --run <run-id> --yes --json
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thothctl --installation deploy/psd/thothii-installation.yaml workspace preprocess run --workspace psd-clinical --resume <run-id> --json
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```
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## 8. Testa una domanda reale
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Apri l'app (`http://localhost:5173`), seleziona `psd-clinical` e crea una sessione con una domanda
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in linguaggio naturale. Segui le 8 fasi e conferma ai gate fino all'SQL finale.
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## Cosa serve ancora da te
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1. **URL + credenziali del repo GitHub** del workspace PSD (passo 1).
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2. **X-API-Key DWH** (+ CA, se serve) riusabili dall'ambiente attuale (passo 2).
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3. Conferma del **provider/modello LLM** di default (`zai/glm-5.2` è già impostato nel descriptor).
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4. Conferma dell'**endpoint ping** REST del DWH (`POST /rpc/ping` con `X-API-Key`) per il
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`diagnostics.dwh_rest` del descriptor.
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Con questi quattro elementi completiamo i passi 2–4 insieme e lanciamo lo smoke live.
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